Luego de las Invasiones Inglesas, Liniers quedó como héroe de las mismas y fue propuesto por el cabildo (y los vecinos) como el nuevo Virrey. La noticia llegó a Carlos IV y este aceptó.
Liniers era francés pero siempre fue fiel a la corona española. Sin embargo, va a ser su nacionalidad la que le juegue en contra en su gobierno.
Cuando Carlos IV lo aceptó como Virrey (Marzo 1808) faltaban todavía 2 meses, para que los españoles entraran en guerra con Francia. Hasta ese entonces, no veían mal tener como virrey a un francés.
Liniers tuvo un pequeño periodo de feliz gobierno hasta que la noticia de que sus compatriotas habían encarcelado al rey español llegó a oídos de los cabildantes.
Pero lo que terminó de desencadenar la revuelta, fue su relación con el enviado por Napoleón a las colonias españolas para buscar reconocimiento al nuevo monarca francés.
Este se llamaba Charles Henri Etienne Bernand, marqués de Sassenay. Había llegado primero a Montevideo pero fue expulsado rápidamente. En cambio, cuando visitó Buenos Aires, fue recibido muy cordialmente por Liniers. De hecho, ya se conocían porque habían realizados negocios juntos. Tuvieron muchas reuniones a solas. Liniers nunca optó una postura bélica ante los franceses, por lo contrario, su postura fue la de esperar a ver como se desarrollaban los hechos en Europa.
Esto motivó, a Martín de Álzaga (español, alcalde de Buenos Aires y héroe de la defensa) a generar una campaña para destituirlo. El Cabildo, que era el fuerte de los españoles, le había jurado la guerra al virrey francés traidor. Mal acusado, ya que Liniers siempre demostró su fidelidad a la corona española. Es más, muere por ella, al intentar combatir la Junta revolucionara de 1810.
Sin embargo, su nacionalidad no lo perdonó e idearon un golpe armado para derrocarlo. Iba a ser el 1 de enero de 1809 y llevado a cabo por los tercios de Gallegos, Catalanes y Vizcaínos (todas milicias formadas por vecinos españoles). Se conoció como la “Asonada del 1 de enero de 1809” o la “Asonada de Álzaga”.
Aquella mañana la plaza de Mayo se vio repleta de estos hombres a los gritos de:
“¡Junta como en España! ¡Abajo el francés Liniers! ¡Viva el Cabildo y muera el mal gobierno!”
Rápidamente los regidores llamaron a un Cabildo abierto y se nombró una Junta Gubernamental que respondía a la Junta de Sevilla, tal cual lo había hecho Montevideo, que tampoco reconocían a Liniers como su virrey.
La junta estaba compuesta principalmente por españoles, como era de esperar. El presidente fue el Gral. Ruiz Huidobro. Como vocales, Martín de Álzaga, Juan Larrea, Antonio Santa Coloma, Esteban Villanueva y Olaguer Reynalds. Y como secretarios, los únicos criollos, Leyva y Mariano Moreno.
Formada la Junta, los juntistas se dirigieron al fuerte para comunicarle a Liniers del nuevo gobierno. Pero al acercarse al mismo, aparecieron los leales. Saavedra con los Patricios impidieron el accionar del Cabildo español.
Martín de Álzaga y otros funcionarios fueron desterrados de Buenos Aires. El gobernador de Montevideo, Elío, les ofreció asilo político. Álzaga intentará una vez más reimponer el gobierno español en 1812, pero terminará ahorcado en Plaza de Mayo.
La junta de españoles se disuelve y continúa Liniers en el cargo de Virrey.
Su virreinato interino funcionó hasta que la junta previsional de Sevilla nombró, como nuevo virrey, al marino español héroe de la batalla de Trafalgar: Baltasar Hidalgo de Cisneros. Fue el único virrey que no lo designó, o aprobó, el rey. Quedó en la historia como el virrey que tuvo que enfrentar la Revolución de Mayo.
La asonada de 1809 fue un gran ejemplo de hacía donde querían empezar a dirigir la política los patriotas revolucionarios. Evitaron, a toda costa, que nuevamente un representante español gobernara el virreinato. Y también fue un ejemplo de la inestabilidad política que se vivía en aquellos años, en donde un Cabildo abierto y una junta, se podían llevar a cabo en una misma tarde. Sin embargo, esta inestabilidad política, luego va a ser esencial para el triunfo de la junta patriota revolucionaria.